Depende muito da praga com a qual você está lidando. Os vírus clássicos (que infectam outros programas ou arquivos para se multiplicar) só podem ser removidos com o auxílio de uma ferramenta (como um antivírus). Um antivírus pode auxiliar na identificação dos arquivos ruins também.Na maioria dos casos, é sempre bom utilizar qualquer ferramenta de remoção (inclusive antivírus) no Modo de Segurança, onde a maioria dos vírus não entra em ação e assim podem ser removidos mais facilmente.